Pierwszym i najważniejszym punktem eksploatacji pontonu jest wodowanie. Zawsze należy bardzo ostrożnie oddalać się od brzegu, wcześniej sprawdzając zarówno sam brzeg, jak i dno zbiornika – mogą tam być szkło, kłody i inne odpady, które mogą uszkodzić łódź. Szczególną uwagę należy zwrócić podczas pływania po rzekach, w których prowadzi się wyręb drewna, lub w zbiornikach, które w lecie silnie się płycą. To samo dotyczy powrotu: odchodząc od brzegu i przybijając do niego, trzeba robić to powoli i ostrożnie, dokładnie oglądając dno.

Podczas wiosłowania na pontonie, wioślarz siedzi plecami do kierunku ruchu, a przy wiosłowaniu przodem – twarzą do kierunku ruchu. Wiosła należy trzymać luźno, bez napięcia. Każdy może nauczyć się korzystać z pontonu – wystarczy opanować podstawy wiosłowania. Ponieważ pontony mają tendencję do dryfowania, wiosłowanie powinno odbywać się krótkimi pociągnięciami; w ten sposób łódź łatwiej ślizga się po wodzie i lepiej utrzymuje kurs. W silny wiatr lub przy szybkim nurcie warto przymocować koniec cumy do ciała, zwłaszcza przy samotnym pływaniu, aby w przypadku przypadkowego wypadnięcia z łodzi, ponton nie oddalił się zbyt daleko.

Każdy właściciel pontonu wie, że na jednym kotwicy jest on bardzo niestabilny; wiatr go „noszą”, a ustawienie dwóch kotwic jest trudne. Istnieje jednak sposób na stabilne kotwiczenie pontonu na jednym haku: cumę przepuszcza się przez boczne pierścienie na balonach i wiąże tak, aby utworzył trójkąt o długości boku około dwóch metrów. Na wolnym końcu cumy mocuje się kotwicę, a cuma przesuwa się w pierścieniach do odpowiedniej pozycji pontonu, który będzie utrzymywany przez wiatr lub prąd. Dzięki temu można ustawić ponton pod różnymi kątami do wiatru lub prądu, co zwiększa obszar łowienia ryb.

Pływając motorówką, należy pamiętać, że z powodu małej bezwładności podczas nagłego hamowania fala z tyłu może dogonić łódź i przelewać się przez otwór w rufie. Dlatego hamować należy płynnie, stopniowo zmniejszając prędkość obrotową silnika. Nie należy kierować łodzi prosto w wysokie fale, lepiej stopniowo przechylać jeden burt, a następnie drugi pod kątem do fali. Zmiana kierunku powinna również odbywać się płynnie, wolno zmniejszając częstotliwość obrotów silnika, ponieważ przy nagłym skręcie fala może zalać łódź przez rufę.

Prędkość motorówki zależy od obciążenia, mocy i częstotliwości obrotowej silnika. Przy każdym obciążeniu zmiana obciążenia wpływa głównie na łodzie z silnikami o małej mocy. Na łodziach z silnikami średniej i dużej mocy obciążenie ma mniejszy wpływ na prędkość, ponieważ mogą one zapewnić osiąganie prędkości nawet przy pełnym obciążeniu. Ważne jest, aby optymalnie dobierać stosunek mocy silnika do przebytej odległości, biorąc pod uwagę cele i warunki pływania. Zwiększenie częstotliwości obrotów nie zawsze jest proporcjonalne do wzrostu prędkości, pokonanej odległości i zużycia paliwa.